go语言plot包 mapstructure go语言

如何安装Go语言安装包

go语言作为google的一个主推语言，最近很多人都在研究，也花了一点时间对他的安装进行了测试，本人使用Sublime Text 2 + GoSublime + gocode

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顾名思义首先是安装Go，这里有很详细的安装说明， 或者（golang.org自己去找hosts），官方已经支持Windows版本

下载解压配置环境变量

“环境变量”（我的电脑-高级系统设置-环境变量），在系统变量的标签下，依次新建编辑如下几个键值对：

(1). 新建 变量名：GOBIN 变量值 ：c:\go\bin

(2). 新建 变量名：GOARCH 变量值：386

(3). 新建 变量名：GOOS 变量值：windows

(4). 新建 变量名： GOROOT 变量值：c:\go

(5). 编辑 Path 在Path的变量值的最后加上 %GOBIN%

1. 下载 Sublime Text 2，地址如下：

2. 解压以后，双击 sublime_text，就可以使用 Sublime Text 2 了。

破解：

用 WinHex 编辑 sublime_text_backup.exe 文件, 跳到 000CBB70 那一行，将该行的 8A C3 修改为 B0 01 然后保存

破解注册成功

3. 安装 Package Control，在打开 Sublime Text 2以后，按下快捷键 Ctrl + `，打开命令窗行（具体在view——show Console），并回车：

import urllib2,os; pf=’Package Control.sublime-package’; ipp=sublime.installed_packages_path(); os.makedirs(ipp) if not os.path.exists(ipp) else None; urllib2.install_opener(urllib2.build_opener(urllib2.ProxyHandler())); open(os.path.join(ipp,pf),’wb’).write(urllib2.urlopen(‘’+pf.replace(‘ ‘,’%20′)).read()); print ‘Please restart Sublime Text to finish installation’

4. 重启Sublime Text 2后，就可以发现在 Preferences菜单下，多出一个菜单项 Package Control。

5.现在安装GoSublime插件了，按住Ctrl+Shilft+p会弹出一个对话框输入install回车弹出一个安装包的对话框

同上输入GoSublime选择GoSublime回车

本机已经安装所以没有出现选项，输入Go build选中回车（这个属于可选）

到此GoSublime安装成功

6.下面安装gocode，

首安装 Git-1.7.11-preview20120710。

打开控制台，输入以下内容：

go get github点抗 /nsf/gocode

go install github点抗 /nsf/gocode

go get github点抗 /DisposaBoy/MarGo

go install github点抗 /DisposaBoy/MarGo

也可以去github下载（要安装google的git版本管理工具）

安装完成后，我们可以在 go/bin 目录下，发现多出了个 gocode 文件。（一定要放在bin目录下）

7. 修改GoSublime配置：在 Preferences菜单下，找到Package Settings，然后找到 GoSublime，再往下找到 Settings – Default。再打开的文件中，添加如下配置，并保存：

"env": {"path":"c:/go/bin;" },

好了，到目前为止，开发环境搭建完成。

下面可以自由编程了。呵呵。

按下快捷键 Ctrl + b 界面下方会出现如下界面：

好了，到现在，开发环境就搭建完毕了。

如下是内容我这边没有使用照样可以使用：

sublime Text 2 编译配置设置方法

tools-build system-new build system 新建一个配置文件 设置为

{

“cmd”: ["go", "run", "$file_name"],

“file_regex”: “^[ ]*File \”(…*?)\”, line ([0-9]*)”,

“working_dir”: “$file_path”,

“selector”: “source.go”

}

然后就可以用ctrl+b 编译了

保存

R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot

气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图，和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图： 点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age，颜色代表了不同个体。

再举几个例子：

上面用了不同形式展示了GO或其他富集的结果。上图和右下图中，我们用颜色代表GO的类别，用横纵坐标代表p-value和z-score，用大小代表富集的基因Count。左下图我们用颜色代表p-value，用大小代表GeneCount，横坐标代表GeneRatio，纵坐标代表具体的类别。

从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。 随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表理展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。

1）需要什么格式的数据

根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。

本次用一个来自于GOplo包的数据EC，该数据为RNA-seq的下游分析数据。

该数据标准化处理后进行统计分析以确定了差异表达基因。 使用DAVID功能注释工具对差异表达基因（调整后的p值0.05）进行基因注释富集分析。

由于本次将使用两个包一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示，还有一个是我们常用的画图包ggplot2， 需要注意的是用于ggplot2的作图数据还要基于circ略作修改，具体见下文。

2）如何作图

GOplot 包提供了直接做气泡图的方法：

略调整参数之后可以对图的布局、颜色等进行调整：

然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图。

首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息：

稍作改变，去除图例添加facet。

往期 R数据可视化 分享

R数据可视化6: 面积图 Area Chart

R数据可视化5: 热图 Heatmap

R数据可视化4: PCA和PCoA图

R数据可视化3: 直方/条形图

R数据可视化2: 箱形图 Boxplot

R数据可视化1: 火山图

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理

观察结论：

观察自己的两个数据表：

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包