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1、GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的,而KEGG分析是基于表达信息的。
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2、GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子,pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。
3、GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分,它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology,是基因功能国际标准分类体系。
4、clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功能非常的优秀,本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。
5、类似的,在GO分析中:KEGG通路中对富集的计算也十分类似。因此通过上述一顿操作猛如虎后的,即可得到基因n是否在M/k 类中富集(N)的概率(P)。既然P-value 针对的是极端情况,那就让情况更极端一些好了。
6、通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。本节视频教程,就让我们带大家学习什么是GO、KEGG富集分析,它们的主要原理是什么,并简单展示使用DAVID进行差异表达基因GO富集分析的操作过程。
1、COG和FOG分别是两种不同的贴装模式,Fog和fob是不同的屏幕。COG意思是IC搭载在玻璃面板上。FOG意思是将FPC搭载在玻璃面板上。Fog即雾面屏幕,fob是普通的镜面屏。
2、COG制程是利用覆晶(Flip Chip)导通方式,将晶片直接对准玻璃基板上的电极,利用各向异性导电膜(Anisotropic Conductive Film,后面简称ACF)材料作为接合的材料,使两种结合物体垂直方向的电极导通。
3、电容 COG 模组相对于普通 COG 模组具有更高的触摸精度、更佳的触摸感应和更高的透光率,因此在某些应用场景下更加适用。
4、COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins(蛋白相邻类的聚簇)的缩写。构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs。
KEGG指的是京都基因与基因组百科全书,通常我们使用KEGG中的pathway模块,将基因映射到某些通路上,了解基因参与生物体中的代谢过程等。
GO富集分析原理: 有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程,注释完之后(模式生物都有现成的注释包,不用我们自己注释),计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。
例如,讨论这些差异基因主要映射到哪些GO或KEGG分类条目中,以说明基因表达的改变会导致哪些调控途径原有功能失调,进而与表型联系起来。通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。