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linux命令行安装r包 linux 命令行安装

如何在linux环境下安装R包

第一步:用Xshell登陆服务器,cd命令进入你要存放R.tar.gz压缩包的路径,如第一张图,我是cd ~/software,进入~/software路径才开始下载R压缩包。然后wget +url(R文件网址)获取R-3.0.0.tar.gz。第二张图是下载完成后截取的。

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第二步,先解压R-3.0.0.tar.gz,然后cd R-3.0.0打开R-3.0.0文件夹。接下来两条命令按第一张图所示输入。./configure命令后截取了一张图。

第三步,先make,然后 make install。make命令后出现Error 1和Error 2,我没有弄明白错误原因。往下装

第四步,vim ~/.bash_profile,vim打开此文件后在PATH中修改环境变量PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir后面的路径)。vim打开文件后有三种模式:一般模式(打开后就是此模式),编辑模式以及命令行模式。在编辑模式下修改PATH后输入:wq(保持后退出)退出vim。关于这三种模式的切换及具体操作可以百度具体了解。

第五步,source ~/.bash_profile,然后R,打开R可以看见一些描述信息。R装好了。

END

R包安装

R运行环境装好后,下载需要的R包,可以用较方便的install.packages命令。这里的dependencies设置为TRUE,可以自动下载你所装包“mpMap”所需要的其他依赖包。

加载R包,用包前需要先加载。有两种加载方法,实现加载的两个函数是:library和require。两者之间存在细微差别,后者会返回一个布尔值(TRUE或FALSE)来表示是否加载成功。

Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

    最近一位老友在倒腾GWAS的研究,发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析,让我在Linux系统上帮忙安装下,根据网页的安装提示进行操作(),在操作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案,在此文特此记录:

运行后出现报错信息如下:

解决步骤1:

    重新安装gmp,最初开始用BiocManager::install("gmp"),出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see ”,查阅资料过后解决方案用conda安装gmp,操作命令如下

解决步骤2:

  接下来重新安装iterpc,用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3:

 接下来重新安装Cairo,用BiocManager::install("Cairo"),出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”,查阅资料后改用conda安装,操作命令如下

解决步骤4:

  最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR,成功安装,library导入后,出现如下信息。

Linux系统R语言安装(Ubuntu 18.04,apt安装)

首先创建CPAN的环境

然后进行R语言主程序的安装:

将CRAN上R包的index读取到本地:

R包安装(示例):

以上

安装R包 fatal error: zlib.h: No such file or directory 问题解决

安装R包(seqinr)时遇到以下问题(缺少config文件):

从报错信息可以看出报错根本原因是找不到zlib.h

1,确认是否安装zlib

注:上述命令Linux下运行,而非R环境下运行

输出结果:

可见zlib已安装。若未安装可用以下命令安装:

3,将zlib.h从安装的默认路径(anaconda/include)链接到报错中提示需要的位置

4,重新安装R包,如果还缺其他config按照上述过程解决,确实lib的话按照上一篇文章的方法( 安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决 - (jianshu.com)

)解决


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