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怎样使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。
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Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统。
安装好之后,双击启动,界面如下
在cell ranger软件的输出结果中,有一个名为cloupe.cloupe
的文件,该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。
通过左上角的File->Open File
, 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单,导入对应的后缀cloupe
的文件,导入成功后的页面如下
默认展示的是t-SNE
降维后的2D-plot, 细胞的颜色根据Graph-Based
聚类结果进行填充,对于聚类得到的cluster, 可以通过对应的单选框,来调节是否在图中显示该cluster对应的细胞,颜色也可以编辑,更换不同的颜色,通过三角形的下拉按钮,可以查看其它聚类的结果,比如K-means
聚类的结果。
聚类的详细结果,即每个细胞对应的cluster编号,可以通过最右侧的按钮导出到文件中,结果为CSV
格式,内容示意如下
中间的表格显示的是feature table, 即每个cluster下显著差异的基因列表,示意如下
默认显示下调的基因列表,可以通过选项进行设置,示意如下
同时还提供了hetamap的显示结果,示意如下
以上这些就是该软件的基本功能,相比网页的显示结果,该软件交互式更强,可以更加方便的探究数据。
看完上述内容,你们掌握怎样使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!