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TRRUST数据库有什么用

这篇文章主要介绍了TRRUST数据库有什么用,具有一定借鉴价值,感兴趣的朋友可以参考下,希望大家阅读完这篇文章之后大有收获,下面让小编带着大家一起了解一下。

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TRRUST数据库是一个记录转录因子调控关系的数据库,不仅包含转录因子对应的靶基因,也包含了转录因子间的调控关系。目前该数据库只存储了人和小鼠相关的调控信息,而且这些调控关系是通过文本挖掘的方法从文献中整理得到的。

该数据库最新版本为v2,网址如下

http://www.grnpedia.org/trrust/

对于human而言,包含了800种转录因子,8444个调控关系对;对于mouse而言,包含了828种转录因子,6552个调控关系对。

官网提供了人和小鼠的转录因子的列表,以human为例,转录因子列表的链接如下

http://www.grnpedia.org/trrust/data/search_list.human.htm

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给出了每个转录因子对应的gene  symbol, Entrez ID等信息,可以用于检索。

通过官网的查询功能,不仅可以查询到转录因子的靶基因targets, 也可以查询到调控该转录因子的其他转录因子,即regulators, 示意图如下

TRRUST数据库有什么用

在检索框种输入对应的gene  symbol, 就可以了。如果输入的基因为一个转录因子对应的基因,会同时输出该转录因子的靶基因和调控该转录因子的其他转录因子,也会输出该基因相关的GO, KEGG等功能注释;如果输入的基因不是一个转录因子,则只会输出调控该基因的转录因子。

以转录因子AHR为例,检索结果包含以下几个部分

1. 转录因子对应的靶基因

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2.  调控该转录因子的其他转录因子

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3. 和AHR具有相同靶基因的其他转录因子

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4. 和输入的基因相关的功能或者疾病注释

包含Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG pathway三种注释信息。

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除了查询功能,该数据库还提供了一种寻找关键的TF的功能,示意如下

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输入一系列的基因,比如差异分析得到的差异基因,通过费舍尔精确检验,分析在哪个转录因子中富集,结果示意如下

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该数据库可以免费下载,而且提供了tsv格式,方便直观,示意图如下

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