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Lnc2Catlas数据库有什么用

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lnc2Catlas是一个肿瘤相关的lncRNA数据库,网址如下

https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/

通过以下三种计算方式来分析肿瘤相关的lncRNA

  1. 通过RNAsnp预测SNP对lncRNA二级结构的影响,如果一个疾病相关的SNP位点位于某个lncRNA上,并且引起了lncRNA二级结构的改变,则认为该lncRNA与肿瘤有关

  2. 通过MaalCards和其他数据库分析lncRNA与protein之间的相互作用,如果一个lncRNA的互作蛋白与肿瘤相关,则认为该lncRNA也与肿瘤相关

  3. 通过lncRNA与mRNA共表达网络,利用TCGA数据库中的肿瘤表达谱数据,构建lncRNA-mRNA共表达网络,然后进行commmunity分析,得到高度相关的lncRNA与mRNA的集合,并进行后续的富集分析

目前该数据库中共收录了33种肿瘤,27670个lncRNA转录本的信息,通过Browse按钮,可以按照肿瘤类型查看相关信息,以乳腺癌为例,结果如下

1. 基本信息

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2. 疾病相关的SNP位点

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3. 疾病相关的蛋白编码基因

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4. 疾病相关的lncRNA

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5. 共表达网络

每个子网是从利用总的共表达网络进行community分析的结果,示意如下

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通过Search按钮,可以根据lncRNA id, snp id, 疾病名字对数据库进行检索,以lncRNAENST00000604692.1为例,包含了以下几种信息

1. 基本信息

包含lncRNA Id, 染色体定位,序列,二级结构等信息,示意如下

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2,影响lncRNA二级结构的SNP位点

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3. lncRNA与蛋白的相互作用

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4. lncRNA在肿瘤中的表达谱

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5. lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络

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对于共表达网络中的cluster, 还提供了GO富集分析结果,示意如下
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6. 文献支持

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该数据库提供了下载功能,示意如下

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感谢你能够认真阅读完这篇文章,希望小编分享的“Lnc2Catlas数据库有什么用”这篇文章对大家有帮助,同时也希望大家多多支持创新互联,关注创新互联行业资讯频道,更多相关知识等着你来学习!


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