linux中mpi命令 linux mpu

如何在vmware配置linux下的mpi

虚拟机CentOS中配置MPI多节点并行计算完整版，这是一个新手教程，从一个空白的CentOS到能正常运行的基础环境，尽量详细写了每个步骤

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我的环境如下：

宿主机：Windows 10 Pro

虚拟机：VMware 12 + CentOS 6.6

一、 虚拟机网络配置实现多节点互访

硬件资源有限，所以我只开了两台虚拟机均为 Centos 6.6。

1．修改网卡配置文件

/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 将其中内容修改如下：

DEVICE=eth0

HWADDR=00:0C:29:A0:3A:CA

TYPE=Ethernet

UUID=bf583745-f834-451c-890c-39821a590543

ONBOOT=yes

NM_CONTROLLED=yes

BOOTPROTO=static

IPADDR=192.168.207.128

NETMASK=255.255.255.0

DNS1=192.168.207.2

将每一台虚拟机都如此配置，IPADDR是ip地址，不要重复

2．修改网关及主机名

/etc/sysconfig/network

ETWORKING=yes

HOSTNAME=node1

NTPSERVERARGS=iburst

GATEWAY=192.168.207.2

一些文章中提到还需要修改VMware的设置（关闭本地DHCP服务），实际上，Centos 中设置好后就不需要动VMware的设置了

二、 在虚拟机中添加同名用户

在不同节点中需要有同名的用户以方便免密码SSH连接

node1和node2中以root用户执行下列命令

# useradd mpiuser

三、 实现免密码SSH登陆

当前节点为node1，用户为mpiuser，工作目录为 ~ 家目录

1．生成 SSH 私钥对

$ ssh-keygen -t rsa 一路回车就好

2．进入 .ssh 目录

$ cd ./.ssh

3．生成authorized_keys文件

$ cp id_rsa.pub authorized_keys

4．回到mpiuser的家目录

$ cd ~

5．建立本身的信任连接

$ ssh node1

6．设置 node2

$ ssh-keygen -t rsa 生成.ssh文件夹

$ scp node1:~/.ssh/* ./ 拷贝node1上的.ssh文件夹到node2

# scp node1:/etc/hosts /etc/hosts 拷贝node1上的hosts文件到node2，可能需要root权限

$ ssh node2

$ ssh node1

7．如果还有其他节点，设置方法同node2

设置成功后，在任意节点执行SSH连接其他节点都不需要密码，注意必需每个节点都有mpiuser这个用户，之所以使用一个普通用户，是为了避免root执行mpi程序时遇到风险。在一些mpi实现中，也不允许以root用户执行。

四、 配置MPI运行环境

1． 下载 mpich

官方网站 下载其中的mpich-3.2.tar.gz

2． 解压并进入目录

# tar xvf mpich-3.2.tar.gz

# cd mpich-3.2

# ./configure –prefix=/usr/local/mpich

# make

# make install

3． 设置环境变量，修改 /etc/profile ，加入下面几行代码

PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin

MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man

export PATH MANPATH

4． 使刚刚的修改生效

# source /etc/profile

5． mpi多节点配置

新建一个配置文件

# touch /usr/local/mpich/servers

修改其中内容为：

node1:2 #在node1上运行两个进程

node2:2

如果有多个节点继续往下写

五、 单节点测试

将源码包中的 examples 拷贝到 mpich 的安装目录

# cp -r ./examples /usr/local/mpich/

用示例程序进行测试

$ mpirun -np 4 /usr/local/mpich/examples/cpi

Process 1 of 4 is on node1

Process 0 of 4 is on node1

Process 3 of 4 is on node1

Process 2 of 4 is on node1

pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307

wall clock time = 0.081049

得到如图的回显结果证明mpich的运行环境正常

六、 多节点测试

$ mpiexec -np 4 -f /usr/local/mpich/servers /usr/local/mpich/examples/cpi

Process 1 of 4 is on node1

Process 0 of 4 is on node1

Process 3 of 4 is on node2

Process 2 of 4 is on node2

pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307

wall clock time = 0.139722

如上，在两个节点上分别运行了两个进程，配置过程到此结束

linux mpi.h一般在哪

linux mpi.h一般在哪？MPI(Message Passing Interface),是一种必须和其它程序语言一起使用的一个接口。mpi.h就是这个接口库的头文件，需要下载并安装这个第三方库，目前主要使用的就是Mpich。1.首先进行解压文件openmpi-1.6.2.tar.gz。 2.然后执行cd openmpi-1.6.2 3.接着执行./configure，一段时间之后发现缺少g++编译器，所以执行sudo apt-get install g++ 4.执行完之后再执行一次./configure就可以配置成功， 5.执行sudo make all in。Linux下MPI环境的安装配置及MPI程序的编译运行，step by step。

下载MPI安装包

去这里下载一个适合的安装包。

安装包的解压

安装包所在的目录下，运行tar xzvf mpich-x.x.x.tgz。

切换到解压出来的包目录下

cd mpich-x.x.x

configure配置编译环境，我这里为它选择了一个安装路径。

Linux/超算中PBS常用命令

新手，纯纯搬运工【出处引用自： 】

1. Linux常用命令

最常用：

ls（英文全拼：list files）：列出目录及文件名

ls -l：列出目录及文件名，可查看更多

ls -al：可以看到隐藏文件

cd（英文全拼：change directory）：切换目录

cd .. ：返回上一级

cd 文件夹名：进入目录

pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录

mkdir 文件夹名（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录

rmdir 文件夹名（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录

cp xxx xxx（英文全拼：copy file）: 复制文件或目录

mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移动文件或目录，或修改文件或目录的名称

rm（英文全拼：remove）: 删除文件

rm -r 文件夹名：递归删除某目录

clear：清空terminal的所有内容（或者使用Ctrl+L）

tab按键：补充完整文件名或文件夹名

次常用：

vim/vi 某文件 （编辑文件）

nano 某文件 （编辑文件）

touch 文件 （新建空文件）

sudo -s （切换到root模式）

exit （退出root模式等）

sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 （获取文件/文件夹的755权限）

chown [用户] [文件或目录] （改变文件或目录的所有者）

chgrp [用户组] [文件或目录] （改变文件或目录的所属组）

make （编译成.exe）

解压/解包：

tar文件 （注：tar是打包，不是压缩！）

解包：tar xvf FileName.tar

打包：tar cvf FileName.tar DirName

.gz文件

解压1：gunzip FileName.gz

解压2：gzip -d FileName.gz

压缩：gzip FileName

.tar.gz 和 .tgz文件

解压：tar zxvf FileName.tar.gz

压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName

安装和卸载deb软件包：

安装：sudo dpkg -i deb文件

查看：sudo dpkg -l

卸载：sudo dpkg -r 软件名

参考资料：

[1]  Linux 教程

[2]  Linux常用命令

[3]  linux中tar命令的用法

[4]  全网最全Linux命令总结

2. vim/vi里的操作

:q 退出

:wq 保存并退出

:w 保存

:q! 强行退出（不保存退出）

:w! 强行保存

i 进入编辑，转为输入模式（光标前面）

a 进入编辑，转为输入模式（光标后面）

o 进入编辑，转为输入模式（光标下方新建一行）

Esc 退出i（插入）命令

3. 超算中PBS常用命令

pbsnodes （查看所有节点）

pbsnodes -l free （查看空闲节点）

pbsnodes 某节点 （查看某节点状态）

ssh 某节点 （转到某节点）

exit （离开节点）

qsub 文件名.pbs/sh （提交任务）

qstat （列出状态）

qstat -q （列出队列）

qstat -n （列出队列中使用的节点）

qstat -f jobid （查看jobid任务的详细信息）

qdel jobid （取消任务）

4. 其他

（1）Linux开机自启

sh文件中包含：

#!/bin/bash#chkconfig: 2345 80 90#description:auto_run

sh文件移动到/etc/init.d后，分别输入命令：

chkconfig --add xxx.sh

chkconfig --list   

chkconfig xxx.sh on 

service xxx.sh start

参考资料： linux 开机启动 .sh 文件 - 自己的太阳 - 博客园

（2）Linux环境变量

方法1：临时使用环境变量：export PATH="/home/www/anaconda3/bin:$PATH"

方法2：修改.bashrc文件

参考资料： Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏

（3）两个sh文件

a.sh文件（用于提交任务，执行a.py文件）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py

a.sh文件（用于提交任务，执行a.exe文件）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe

（4）一个makefile文件

makefile文件（用于编译Fortran文件）

INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/include/intel64/lp64

LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/lib/intel64

mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc

src:=Console1exec:=a

all: $(src).f90

ifort  $(src).f90  $(INC) $(LIB) -openmp -lmkl_intel_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_intel_thread -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64  -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -O2 -o $(exec).exe