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这篇文章将为大家详细讲解有关SMART数据库有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
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SMART是蛋白结构域的数据库,该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息,覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下
http://smart.embl-heidelberg.de/
该数据库有以下两种模式
normal
genomic
normal
模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白质信息,这些蛋白序列是存在冗余的,genomic
模式下只包含了拥有完整蛋白质组的物种的信息。
两种模式可以通过SETUP
菜单进行切换,通过颜色可以辨别所处的模式,示意如下
通过右上角的Search SMART
按钮,可以检索该数据库,支持以下蛋白名称和domain两种检索方式。
输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索,示例如下,根据uniprot数据库中的蛋白IDC1S_HUMAN
进行检索
http://smart.embl-heidelberg.de/smart/show_motifs.pl?ID=C1S_HUMAN
检索页面包含如下结果
从图中,可以看出,该蛋白质包括以下5种domain
CUB
EGF_CA
CCP
Tryp_SPc
还提供了每个结构域的位置信息
提供了来自STRING数据库的蛋白相互作用信息,示意如下
提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 两个数据库的通路注释信息,示意如下
提供了来自eggNOG数据库的注释信息,示意如下
提供了来自PTM数据库的转录后修饰信息,示意如下
按照domain
进行检索,示例如下,根据domian名称CUB
进行检索。对于每个domain, 采用SM开头的编号唯一标识,同时提供了和其他数据库的关联信息,还支持下载多序列比对的结果。
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