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怎么设置国内的源加快R包下载速度

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R语言在使用 install.packages()安装package的时候,默认会在官方的源(https://cran.rstudio.com/)搜索R包,然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国,下载速度往往会受到很大的限制,因此当我们安装好R之后,第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源(也称镜像,Mirror)。

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修改 install.packages 的安装源
如果你使用的是有图形界面的RGui,选择  Packages --> Set CRAN mirror --> China (Guangzhou)

如果你使用的是Rstudio,选择  Tools --> Global options --> Packages
点击Change,选择离你所在城市最近的国内源

怎么设置国内的源加快R包下载速度


怎么设置国内的源加快R包下载速度


也可以输入以下代码(适合不带图形界面的R),直接修改  
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
通过 getOption("repos") 命令可以知道目前的镜像网站是哪里的



2

修改 bioconductor 的安装源

绝大部分的生物信息相关的R包(如DESeq2, limma, clusterProfiler)都在 bioconductor,并不在官方的源里面,所以通过 install.packages() 命令会找不到对应的R包。得使用如下命令安装:  
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")

同样,使用option命令修改bioconductor的源为国内源,就再也不用忍受bioconductor 的龟速了,代码如下:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")


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