大橙子网站建设,新征程启航
为企业提供网站建设、域名注册、服务器等服务
这篇文章主要为大家展示了“miRWalk是什么数据库”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“miRWalk是什么数据库”这篇文章吧。
创新互联2013年至今,是专业互联网技术服务公司,拥有项目做网站、网站设计网站策划,项目实施与项目整合能力。我们以让每一个梦想脱颖而出为使命,1280元清河做网站,已为上家服务,为清河各地企业和个人服务,联系电话:18980820575
miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息,网址如下
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息
human
mouse
rat
dog
cow
官网提供了两种检索功能
检索框如下
对于miRNA
, 支持mirBase数据库中的ID和编号,也支持miRNA family的名字。
对于Gene
, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq
和Ensembl
数据库中的转录本ID。
检索结果如下所示
页面非常简洁,只有一个结果下载的功能。
检索框如下
支持一次检索多个miRNA
或者Genes
,适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息,也支持按照pathways
进行检索,适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。
以Genes
为例, 检索结果如下
最上方的下拉列表,可以对结果进行筛选,即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息,也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。
除了结果导出外,还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph
和基因集富集功能GSEA
。
对于Graph
而言,结果示意如下
用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG
, PNG
, JPG
等格式。
对于GSEA
而言,支持以下功能的富集分析
reactome pathway
kegg pathway
Gene ontology
结果示意如下
相比mirDIP
, miRWalk
提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA
富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human
中的miRNA靶基因信息,用mirDIP
会更加全面一些。
以上是“miRWalk是什么数据库”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!