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miRWalk是什么数据库

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miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息,网址如下

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息

  1. human

  2. mouse

  3. rat

  4. dog

  5. cow

官网提供了两种检索功能

1. 一次检索一个miRNA/gene

检索框如下

miRWalk是什么数据库

对于miRNA, 支持mirBase数据库中的ID和编号,也支持miRNA family的名字。

对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也支持输入对应的转录本ID, 比如RefseqEnsembl数据库中的转录本ID。

检索结果如下所示

miRWalk是什么数据库

页面非常简洁,只有一个结果下载的功能。

2. 一次检索多个miRNA/gene

检索框如下

miRWalk是什么数据库

支持一次检索多个miRNA或者Genes,适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息,也支持按照pathways进行检索,适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。

Genes为例, 检索结果如下

miRWalk是什么数据库

最上方的下拉列表,可以对结果进行筛选,即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息,也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。

除了结果导出外,还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph和基因集富集功能GSEA

对于Graph而言,结果示意如下

miRWalk是什么数据库

用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG, PNG, JPG等格式。
对于GSEA而言,支持以下功能的富集分析

  1. reactome pathway

  2. kegg  pathway

  3. Gene ontology

结果示意如下

miRWalk是什么数据库

相比mirDIP, miRWalk提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human中的miRNA靶基因信息,用mirDIP会更加全面一些。

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