大橙子网站建设,新征程启航
为企业提供网站建设、域名注册、服务器等服务
这篇文章将为大家详细讲解有关miRTarBase数据库有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
专注于为中小企业提供成都网站设计、网站建设服务,电脑端+手机端+微信端的三站合一,更高效的管理,为中小企业宁陕免费做网站提供优质的服务。我们立足成都,凝聚了一批互联网行业人才,有力地推动了近1000家企业的稳健成长,帮助中小企业通过网站建设实现规模扩充和转变。
miRTarBase是一个手工收集的,经过实验验证过的miRNA靶基因数据库,网址如下
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
如下图所示,miRTarBase最新版本为V7.0, 于2017年9月15号更新,共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因,422517 个靶基因相互作用
通过Browse
功能,可以利用以下四种方式浏览数据库中的内容
miRNA ID
Target Gene
Disease
Species
Statistics
提供了每个物种对应的miRNA靶基因情况,示意如下
以Human为例,共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个,而人一共有2万多个蛋白编码基因,接近80%都受到miRNA的调控,可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性。
对于miNRA-Target Gene , 共有380639 条记录, 平均每个miRNA有380639 / 2599=146个靶基因, 而每个基因平均受到380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控。
Search
功能则提供了多种检索方式
以mirBase数据库中的miRNA ID进行检索,示意如下
以Gene Symbol进行检索,示意如下
以kegg pathway通路进行检索,示意如下
以各种验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索,示意如下
以疾病进行检索,示意如下
高级检索功能,支持一次检索多个miRNA或者基因,示意如下
检索结果如下所示
对于每条miRNA靶基因的记录, 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions (简称MTs) 编号,比如MIRT000287,对于检索结果,可以根据实验证据的可靠性,进行筛选。
miRTarBase不仅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同时也提供了文献报道的miRNA和疾病之间的相关信息。
关于“miRTarBase数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。