LncACTdb数据库有什么用

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ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制，指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA,  通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达，这里的RNA分子可以是mRNA, lncRNA, 甚至是pseudogene。

LncATCdb数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据，并提供了功能富集分析，网络图可视化，生存分析等结果，网址如下

http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html

该数据库中的内容分成以下两个部分

1. predicted data

2. experimental data

软件预测和实验验证两类，软件预测指的是利用miRanda等软件预测lncRNA-miRNA的相互作用，然后去分析ceRNA;而实验验证主要是从文献中整理出来的ceRNA信息。

以软件预测的结果为例，检索结果示意如下

点击Detail可以查看详细信息，包含以下信息

1. 基本信息

构成该ceRNA调控网络的各种RNA分析的名字，相关的疾病等信息，示意如下

除此之外，还包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的详细结果。lncRNA与miRNA的相互作用使用下图中的几个软件进行预测

mRNA-miRNA的相互作用从数据库中得到，示意如下

2. ceRNA网络可视化

结果示意如下，采用了圆环的布局来展示构成了ceRNA关系的lncRNA与mRNA, 由于二者共同结合的miRNA数量很多，所以在图中并没有展示miRNA。

3.  功能富集

对于与lncRNA构成ceRNA关系的蛋白编码基因，进行GO和KEGG富集分析，结果示意如下

4. 疾病标记物

5.  生存分析

对于ceRNA网络中的各种RNA分子，利用TCGA数据库中的数据，进行疾病的生存分析，结果示意如下

除此之外，该数据库还提供了一种在线工具lncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据，然后进行ceRNA分析。

该数据库中的信息是可以免费下载的， 提供了以下8种信息

实验证据支持的ceRNA文件内容示意如下

通过该数据库，可以得到已有的ceRNA关系，更方便的是，由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据，通过在线工具在识别新的ceRNA网络。

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