CSCD数据库有什么用

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CSCD收录了肿瘤特异性的环状RNA, 采用生物信息学手段分析87个肿瘤样本中的circRNA, 并筛选出只在肿瘤患者中表达的环状RNA,该数据库的网址如下

http://gb.whu.edu.cn/CSCD/

目前共收录了272152个肿瘤特异性的环状RNA,在利用RNA_seq数据分析环状RNA的过程中,使用了以下4款软件来识别环状RNA

1. CIRI

2. find_circ

3. circRNA_finder

4. circexplorer

在官网首页,可以根据样本,来源基因,细胞定位对结果进行筛选，示意如下

检索结果中,每一行为一个circRNA,会给出circRNA来源基因名称,对应的样本名称,所用软件的名称和对应的表达量。点击每行的环状RNA,在右侧面板会给出来源基因和该环状RNA的详细信息,对于来源基因,详细信息如下所示

1. overview

这部分将基因结构进行可视化,矩形区域代表外显子,黑色实线代表内含子,同时用曲线标记环状RNA在来源基因上的位置,用折线代表可变剪切事件,示意如下

2. Gene

这部分给出基因的染色体位置,示意如下

3. Transcript

这部分给出转录本的染色体位置,示意如下

4. circRNA

这部分给出环状RNA的染色体位置,示意如下

5. Splice

这部分给出可变剪切事件的染色体位置,示意如下

对于环状RNA,详细信息如下所示

1. overview

这部分对环状RNA的结构进行可视化,同时提供了对应的miRNA结合位点,蛋白结合位点,ORF区域的可视化,示意如下

2. circRNA

这部分给出环状RNA的染色体位置,示意如下

3. MRE

MRE代表miRNA的结合位点,采用targetscan软件进行预测,结果如下所示

4. RBP

RBP代表RNA binding protein,采用HITS_CLIP测序数据得到,示意如下

5. ORF

ORF代表开发阅读框,用于分析circRNA的编码潜能,结果如下所示

该数据库的数据是可以免费下载的,其分析肿瘤特异性的思路以及针对环状RNA的分析内容值得借鉴。