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haploview怎样进行连锁不平衡分析,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
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haploview 是基于图形界面的软件,其界面设计良好,用法简单,是进行连锁不平衡分析的主流软件之一。
需要两个输入文件, 后缀分别为ped
和info
。ped
文件保存的是样本的基因分型结果,这种格式在之前的文章中详细介绍过了;info
文件保存的是SNP位点的ID和位置信息,内容如下
IGR1118a_1 274044 IGR1119a_1 274541 IGR1143a_1 286593
第一列为SNP位点的ID, 第二列为SNP位点在基因组上的位置。
点击Linkage Format
菜单,然后选择对应的输入文件。Data File 指定输入的ped
文件,Locus Information File 指定输出的info
文件,如果ped
和info
文件同名,在指定Data File的同时,程序会自动识别info文件;Ignore pairwise comparisons of markers 指定计算LD的范围,默认只对距离在500kb以内的SNP位点分析连锁不平衡,可以根据自己的需要进行调整,比如调整到1000Kb;Exclude individuals 对样本进行过滤,默认基因型缺失的比例大于50%的样本被剔除。当所有参数设置好之后,点击OK
按钮即可。
check markers
可以对输入的SNP位点进行过滤, 可以根据HW pvalue
, Min genotype
, mendel error
, MAF
等阈值过滤。设置好相应的阈值之后,点击Rescore Markers
按钮,就可以根据阈值过滤了,最后一列的Rating
如果勾选上了,表示该SNP位点符合要求。
点击LD plot
按钮,就可以看到如下所示的连锁不平衡的热图;每个格子代表了两个SNP位点之间的LD分析结果,颜色从白色到红色,代表连锁程度从低到高。右键点击格子,可以看到LD分析的详细结果。方框中的数值为D'
值,为了美观,这里乘以了100。通过最上方的Display
按钮,可以调整热图的外观。
相互之间高度连锁的SNP位点构成了haplotype block
, 比如下图中的1-8构成了block1, 长度为84kb。
基于LD分析的结果,可以去定义一个haplotype block。 通过最上方的Analysis
按钮,可以调整计算haplotype block
的算法
Tagger
按钮用于挑选tagSNPs, Configuration
有两个用途,第一个是筛选SNP位点,通过勾选对应的单选框,可以指定想要进行分析的SNP位点;第二个用途是指定tagSNPs挑选的算法,默认是pairwise tagging only。
设置好之后,点击Run Ragger
按钮,就可以了,结果界面如下
Test
框中显示的就是挑选出的tagSNPs, 鼠标左键单击每个SNP位点,在下方的Alleles captued by Current Selection 框中,会显示该tagSNP代表的其他SNP位点。右侧的表格展示了每个SNP位点对应的最佳的tagSNP。通过下方的Dump Tests File和Dump Tags File按钮可以导出结果。
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